Родился 9 мая 1967 года в Москве в семье кинорежиссера Сергея Бондарчука и актрисы Ирины Скобцевой.
В 1985 году после школы поступил во ВГИК (мастерская Игоря Таланкина), но с пятого курса ушел. Служил в армии - в кавалерийском полку. Через два года, после армии, вернулся во ВГИК, но уже в мастерскую Юрия Озерова.
В 1990 году окончил режиссерский факультет ВГИКа.
Как режиссер сделал полнометражную телевизионную картину "Люблю" с Людмилой Гурченко, однако больше известен как один из "зачинщиков" российского клипмейкерства. В 1991-м вместе со Степаном Михалковым основал студию Art Pictures Group. Снимал клипы для Аллы Пугачевой, Кристины Орбакайте, Алены Свиридовой, Анжелики Варум и др.
В 1992 году стал одним из организаторов первого российского фестиваля киновидеоклипов "Поколение", на котором получил /совместно с Тиграном Кеосяном/ первый приз "Золотое яблоко" за режиссуру клипа "Посмотри в глаза" с Натальей Ветлицкой. Этот же клип занял первое место на Международном фестивале кино-видеоклипов Generation-92.
Первый клип Ф. Бондарчука "До свидания, мама" победил на Международном конкурсе в Финляндии.
В Венгрии первые два места заняли его клипы с роликом финской певицы Миисы и клипом С.Челобанова "Поцелуй меня, девочка".
Снялся в фильмах: "Сталинград" (1989), "Арбитр" (1992), "Бесы" (1992), "Ангелы смерти" (1993), "Стреляющие ангелы" (1993), "Кризис среднего возраста" (1997),"Остановка" (1998), "Восемь с половиной долларов" (1999), "Витрина" (2000), "Даун Хаус" (2001), "Мужская работа" (2001).
Режиссер фильма "9-я рота", который в 2005 году стал самым кассовым фильмом года.
Ведущий шоу "Кресло" на СТС.
С марта 2004 года - член Академии российского телевидения.
Член Совета при Президенте Российской Федерации по культуре и искусству (с 16 февраля 2006 года) В 2006 году Федор Бондарчук был выбран лицом страховой компании "Росгосстрах". 
Семейное положение: жена - фотомодель Светлана Рудская (Бондарчук), сын Сергей, дочь Варвара.
